שעון נוכחות משמש בעיקר לרישום נתוני כניסה של עובדים לעבודה ויציאה ממנה, לשם חישוב הזכויות הנובעות מנוכחותם (בהתאם לסעיף 25 לחוק שעות עבודה ומנוחה, שעון נוכחות הוא דרך המלך לרישום נוכחות העובדים, רישום שעל פי סעיף זה המעסיק מחויב לו). בנוסף משמש שעון נוכחות לרישום כניסה לחדרים מסוימים במקום העבודה, כגון חדר אוכל או מתקן מאובטח, וכן ניתן להשתמש בו לרישום התחלה וסיום של פרויקט במהלך יום העבודה.