בפיזיקה, חומר אפל (מכונה גם מסה אפלה, וליתר דיוק: גרביטציה אפלה) הוא השם שניתן לכך שלמעלה מ-85% מהגרביטציה ביקום אינה ניתנת להסבר על ידי קיומה של מסה מוכרת. סברה אחת היא שמדובר בחומר היפותטי שטרם התגלה, שאינו מגיב עם חלקיקי חומר אחרים - כולל חלקיקים של עצמו. תאוריות אחרות, כמו דינמיקה ניוטונית מתוקנת או תיקונים בתורת היחסות הכללית, נותנות הסבר חלופי לאותן תופעות כבידתיות מבלי להניח את קיומו של חומר אפל. עם זאת, ייתכן שההסבר שונה מהרעיונות שהוצעו עד כה.